被塞内加尔总统授予国家功勋勋章 2014
“新结构经济学:反思发展问题的一个理论框架”中国世界经济学会浦山世界经济学优秀论文奖,2012年
芝加哥大学校友杰出成就奖,2011
爱尔兰三一学院哲学社荣誉赞助人,2010
“自生能力、经济发展与转型:理论与实践”, 第五届吴玉章人文社会科学优秀奖,2007年10月
北京大学首届蔡元培奖,2006年;
“自生能力、经济发展与转型:理论与实践”荣获教育部第四届中国高校人文社会科学研究优秀成果奖一等奖,2006年;
“自生能力、经济发展与转型:理论与实践”荣获北京大学第十届人文社会科学研究优秀成果奖一等奖,2006年;
北京市第二届高等学校教学名师奖,2006年9月
首届张培刚发展经济学研究基金会优秀成果奖,2006年4月
全国劳动模范先进工作者,2005年;
《Development Strategy, Viability, and Economic Convergence》荣获北京市第八届哲学社会科学优秀成果二等奖,2004年;
《再论制度、技术与中国农业发展》荣获教育部第三届中国高校人文社会科学优秀成果一等奖,2002年;
《中国的财政分权与经济增长》荣获北京大学第八届人文社会科学优秀成果一等奖,2002年;
威廉.戴维森客座教授,威廉.戴维森学院,密西根大学,2002年;
《中国的财政分权与经济增长》获第五届北京大学学报优秀论文奖,2001年;
《再论制度、技术与中国农业发展》中第四章“价格双轨制与供给反应:理论与来自中国农业的经验证据”荣获第九届孙冶方经济科学论文奖,2001年;
首场讲座,芝加哥大学经济系迪.盖尔 约翰逊年度讲座系列,2001年5月;
“为四化建设和祖国统一大业作出突出贡献先进台胞”荣誉称号,2001年;
1992年发表于《美国经济评论》“中国的农村改革及农业增长”一文被美国科学信息研究所ISI(Institute for Scientific Information)评为1980至1998年内发表于国经济学界刊物上被同行引用次数最高的论文之一,获颁经典引文奖,2000年;
《再论制度、技术与中国农业发展》获北京大学第七届科研著作奖一等奖,2000年;
《技术变迁与收入在农户间的分配:理论和来自中国的证据》获《澳大利亚农业与资源经济学杂志》1999年度最佳论文奖;
国家人事部中青年有突出贡献专家,1999年;
世界经济论坛,杰出学者(Fellow),1999年;
美国杜克大学亚洲太平洋研究院尼克拉斯杰出演讲系列,主讲人,1999年;
教育部人文社会科学跨世纪优秀人才,1998年;
国际小麦和玉米研究所(绿色革命发源地)1998年年度杰出经济学家讲座;1998年;
《充分信息与国有企业改革》获1998年北京市第5届哲学、社会科学科研著作二等奖;
澳大利亚农业与资源经济学会1997年约翰•克劳夫爵士奖(每两年从各国农业经济学家中选出一位获奖);
《中国的奇迹:发展战略与经济改革》获1996年北京市第四届哲学社会科学奖科研著作奖一等奖;
《中国农业科研优先序》获1996年北京大学第五届科研著作奖一等奖;
“中国的农村改革及农业增长”,美国明尼苏达大学国际粮食与农业政策研究中心1993年度最佳政策论文奖(每年一位);
《制度、技术与中国农业发展》获1992年度孙冶方经济科学奖;
中国经济学会,杰出会员(Fellow),1993;
香港中文大学林大卫经济学家奖,1993;
1993年起享受国务院有特殊贡献专家津贴;
个人小传被收入《世界名人录》、《世界科学与工程名人录》、《国际名人辞典》、《国际年度名人》等书。